為因應疫情持續升溫，交通部航港局一○九年四月廿三日修正「辦理交通部對受嚴重特殊傳染性肺炎影響發生營運困難產業事業紓困振興辦法第十二條紓困作業要點」，協助海運企業度過難關。

航港局副局長陳賓權本（五）月一日在交通部召開記者會指出，該局已推動海運紓困二‧○擴大對海運相關業者協助，增加非屬中小企業的國籍船舶運送業、貨櫃集散站經營業及船舶貨物裝卸承攬業二點四三億元貸款利息補貼，及三百億元貸款信用保證措施，協助減輕營運壓力；較紓困一‧○增加許多補貼措施，例如停航期間船舶運送業者辦理客船檢查及維修費用也可納入補貼，紓困補貼項目也擴及服務離島地區民眾需求，致使無法停航或減班的船舶運送業者油料及船員薪資補貼、載客小船業的駕駛及助手薪資補貼、金門及馬祖小三通客運場站內商業服務設施承租業者的租金補貼，目前已撥付紓困補貼款項達一億零五百七十一萬元，與海運業者一起攜手度過疫情考驗。

航港局表示，除已遵照交通部長林佳龍指示「從速、從寬、從簡」原則，簡化各類業者營運資金、從業人員薪資補貼及防疫用品費用補貼申請程序外，為利業者瞭解各項紓困補貼措施，已於上（四）月廿二日辦理說明會，也指派專人協助及輔導業者辦理案件申請作業，以充分落實便民目標。
航港局表示，未來並將以更多元的思考角度，規劃更多樣防疫措施，以幫助海運業者減輕營運壓力；各項詳細營運紓困措施資訊及申辦流程詳見該局網站，有專人專線為業者提供即時協助。