為維護公權力及環保，臺南市政府環保局以最快速行政處分及效率處理學甲爐碴案，8月25日函文責成明祥馨公司於180工作天內清理；9月2日正式核定明祥馨清理處置計劃書，9月3日進行整地除草及施作周界圍籬，有效阻隔開挖施工範圍，4日上午8時30分起相關施工機具如怪手、載土車輛陸續進埸，環保局亦派員現場監督開挖工作及管控清運至合法暫置區，俟業者提報合法去化流向後始得離場。

市長黃偉哲表示，學甲爐碴案雖不是在其市長任內發生，但仍要求環保局積極處理，市長任期內違法環境部分將用嚴肅態度、嚴厲手段去處理，還給大家一個乾淨的環境。環保局長謝世傑說，明祥馨原所提清理計畫為2年清運時間，經評估爐碴量後要求做最短處理，需在180工作天內清運完畢，上次學甲爐碴案花了1年半的時間完成清理，這次要求其半年清理完成。

謝世傑指出，該合法暫置區為明祥馨公司二場，係於103年4月申請為爐碴（石）堆置場，領有環保局核可固定污染源操作許可證，環保局將不定期派員前往稽查，務使業者遵循規定辦理。對於清理義務人挖除所填埋的爐碴（石）也將嚴格監督清理過程，中長期將採人員輪班抽查，並輔以固定式錄影設備監控挖除進程，掌握後續去化流向，以杜絕爐碴石再次非法回填掩埋。